Las plantas y animales que hoy se observan en el área donde se encuentra el Sitio Museo Finca 6 son producto de la regeneración natural que se ha llevado a cabo por más de 10 años. Algunos sectores del sitio, en razón de la investigación arqueológica que se ha llevado a cabo, están desprovistos de vegetación, no obstante un porcentaje importante del área no ha sido intervenido y aquí se ha constituido un bosque secundario en etapas tempranas, con presencia de especies típicas de áreas de crecimiento secundario y animales característicos de este tipo de bosque.
En esta pequeña superficie se han registrado casi 100 especies de plantas y helechos, entre las que resaltan algunas muy emblemáticas como el árbol de balsa (Ochroma pyramidale) y la bijagua (Calathea lutea), ambas de uso ancestral. También existen especies menos conocidas como el arbusto Pentagonia tinajita, especie que sólo ha sido reportada en Costa Rica y Panamá.
En el grupo de las aves, se observan a través del año hasta 121 especies, entre las que resaltan el gavilán Gampsonyx swainsonii (que se dice es el gavilán más pequeño de América y entre los más pequeños del mundo) y el pájaro estaca Nyctibius griseus, ave que se camufla bien con los troncos y la vegetación, razón por la cual es difícil de observar para ojos inexpertos. También pueden observarse aves endémicas como el sargento (Ramphocelus costaricensis) y el trogón vientribermejo (Trogon bairdii).
Entre las 18 especies de mamíferos silvestres que se han registrado con suerte tal vez se pueda observar al tolomuco (Eira barbara) paseándose tranquilamente por las áreas abiertas o la ardilla (Sciurus variegatoides) y muy raramente al escurridizo yaguaroundi (Puma yaguaroundi).
Además, en el Sitio Museo Finca 6 existen 12 especies de hongos y más de una veintena de especies de mariposas que llenan de color a este importante lugar.
Una sección del Sitio Arqueológico El Silencio (donde se encuentra la esfera de piedra más grande registrada hasta el momento en Costa Rica) ha estado durante varias décadas sometida al desarrollado de una plantación forestal de especies de teca (Tectona grandis) y melina (Gmelina arborea), ambas especies exóticas en Costa Rica que se utilizan para madera. Las plantaciones forestales, al igual que los monocultivos, se caracterizan por presentar poca diversidad biológica. Además, al ser sometidas a controles de plagas y malezas no son sitios aptos para que se establezcan las especies de plantas en forma diversa y abundante y con esto también se reduce la cantidad y variedad de otros grupos como aves, mamíferos e insectos.
No obstante, en este tipo de ecosistema artificial es posible observar algunas especies de aves así como de mamíferos que utilizan las plantaciones como zonas de paso o refugio momentáneo, por ejemplo el mono ardilla Saimiri oerstedii. Entre otros mamíferos que habitan la zona está el murciélago candelero Carollia perspicillata). Así mismo las plantaciones forestales permiten la movilización de algunas especies de mamíferos y aves a ambientes más naturales y adecuados.
Las condiciones naturales en el Sitio Arqueológico Batambal han sido alteradas por el ser humano desde muchos años atrás. Actualmente este sitio prácticamente no cuenta con cobertura vegetal natural, lo que a su vez disminuye drásticamente la presencia de especies de otros grupos como aves, mamíferos e insectos. No obstante es posible observar algunas especies comunes de aves surcando el cielo o posándose sobre la poca vegetación existente así como mamíferos típicos de áreas alteradas como la ardilla (Sciurus variegatoides).
El Sitio Arqueológico Grijalba-2 actualmente presenta un mosaico de ambientes tanto naturales como artificiales (generados por el ser humano), esto se ve reflejado también en su composición biológica. Un sector del sitio está formado por lo que se podría denominar un bosque, en razón de la variedad de especies de plantas (típicas de este ecosistema) así como la presencia de árboles de tamaño considerable (más de 15 m de alto y 1 m de diámetro del tronco) como el balsa (Ochroma pyramidale), el espavel (Anacardium excelsum) y el guácimo (Luehea seemannii). Bajo estos árboles existen distintas especies de hierbas, arbustos y palmeras que complementan y contribuyen con la riqueza biológica de este sitio.
En las partes bajas de este bosque es posible observar aves como la chiricoca (Aramides cajaneus) y sobre las copas de los árboles se posan las lapas rojas (Ara macao) y otros parientes como pericos y loras; en los alrededores se observan colibríes (Amazilia tzacatl) y el zetillero collarejo (Sporophila americana).
Algunas especies de mamíferos han sido registradas en estos bosques, como el mapache (Procyon lotor), el zorro pelón (Didelphis marsupialis) y el murciélago candelero (Carollia perspicillata), muy frecuente en toda la zona.
Contiguo al bosque se encuentra un área que fue desarrollada como plantación de melina (Gmelina arborea), especie exótica que se utiliza para madera. Otro sector del sitio está cubierto por cultivo de plátano y banano (Musa acuminata). Estos dos ambientes contrastan con el bosque por presentar dominancia de pocas especies de plantas, lo que igualmente se refleja en la menor diversidad y abundancia de otros grupos como aves, mamíferos e insectos.